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Le corps abrite un surprenant organe. On n’a pas conscience de son existence car, contrairement au cœur ou à l’estomac, on ne le «sent» pas et on ne peut pas le palper. Pesant entre un et deux kilos, il joue pourtant un rôle crucial dans l’équilibre des fonctions physiologiques et il est impliqué dans diverses maladies. C’est le microbiote intestinal qui, sous la loupe des chercheurs et médecins, n’en finit pas de révéler ses trésors.

Cette flore intestinale, comme on l’appelait auparavant, est constituée de 100 000 milliards de bactéries – dix fois plus que le nombre de cellules du corps ! Des micro-organismes inoffensifs avec lesquels l’être humain a évolué et qui vivent en parfaite symbiose avec lui. 

Responsables des ballonnements, des flatulences et autres gargouillements, les bactéries grouillent dans notre système digestif et jouent aussi un rôle fondamental dans la santé humaine. Elles composent ce que l'on appelle la flore intestinale.

Chacun de nous en abrite des milliers de milliards dans son intestin. On estime ainsi que notre corps contient dix fois plus de bactéries que de cellules humaines ! Au total, cela représente une masse d'environ 1,5 kg.

Le tube digestif du nouveau-né est stérile. Il ne contient aucune bactérie mais très rapidement, il est colonisé au contact de l'environnement, et petit à petit, différents types de micro-organismes élisent domicile dans l'intestin et le côlon du bébé. 

Le mécanisme précis de ce phénomène 
est encore mal connu mais une chose est sûre : au bout de deux ans, la flore intestinale de l'enfant a acquis sa composition quasi définitive. Ensuite, elle restera pratiquement stable pendant toute la vie de l'individu.


A l'âge adulte, 
chacun de nous possède sa propre collection de bactéries mais celles-ci assurent les mêmes fonctions. Globalement, notre flore intestinale est composée de près d'un millier d'espèces différentes. Certaines ont besoin d'oxygène, d'autres non. Certaines sont rondes (les coccidés), d'autres sont en bâtonnets (les bacilles), d'autres encore sont en tire-bouchon (les spirochètes)...


Toutes ces bactéries 
sont dites "commensales", du latin "qui mangent avec nous". Elles se nourrissent de nos cellules mortes, de nos muqueuses et des résidus des aliments que nous consommons.

En échange du gîte et du couvert que nous leur offrons, ces bactéries nous rendent plusieurs services : aide à la digestion, stimulation de notre système immunitaire, production de vitamines...

Notre tube digestif
 contient ainsi une armée de microbes qui travaillent pour nous, jouant en particulier un rôle important dans la lutte contre les infections.


La flore intestinale peut toutefois aussi être impliquée dans certaines maladies. Elle est, par exemple, modifiée chez les personnes atteintes de la maladie de Crohn ou de la rectocolite hémorragique (maladies inflammatoires du côlon). 

Selon de récentes études, 
c'est également le cas chez les personnes obèses. Mais on ne sait pas encore si cette modification de la flore est une cause ou une conséquence de ces pathologies. Les bactéries qui nous habitent restant largement méconnues.

Sa répartition dans le système digestif

Le microbiote intestinal varie tout le long du système digestif. La diversité bactérienne est maximale dans le gros intestin.

 

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A quoi sert le microbiote ?

Il exerce de nombreuses fonctions physiologiques qui vont avoir un impact sur notre santé : 

  • il aide à digérer 
  • il permet de fabriquer certaines vitamines (vitamines B, vitamine K) 
  • il contribue au maintien de l’intégrité de la muqueuse intestinale.

On sait que la muqueuse agit comme un filtre à café qui permet l’assimilation des nutriments et micronutriments. En cas de dysfonctionnements, celle-ci peut perdre son étanchéité et perturber les échanges en laissant passer les éléments indésirables. 

• il a un rôle primordial sur les défenses de l’organisme en particulier par l’effet barrière. 

La naissance du microbiote

Dans l’utérus de la maman, l’intestin de bébé est stérile. A la naissance, le nouveau-né se retrouve brutalement plongé dans un univers bactérien riche et varié. Il va se coloniser rapidement à partir des germes maternels d’origine vaginal, intestinale, cutanée et aussi de l’environnement (personnels soignants...). Les premières bactéries qui le colonisent sont essentiellement des colibacilles, des streptocoques. 

A partir du troisième jour, la composition de la flore intestinale va être directement dépendante du mode d’alimentation du nourrisson : 

  • le microbiote du nourrisson nourri exclusivement au sein est dominé par les bifidobactéries et les lactobacilles, 
  • la microflore des nourrissons nourris avec des préparations lactées contient plus de bactéroides, enterobacteries et clostridies. 

Dès la diversification alimentaire, la différence s’estompe et le profil de la flore intestinale se diversifie et se stabilise. On estime qu’entre l’âge de 1 à 2 ans, l’enfant acquiert un microbiote proche de celui de l’adulte. 

Parfois, parcours du combattant

Il existe, en effet, de nombreux facteurs qui modifient l’implantation du microbiote chez le bébé : 

  • le mode d’accouchement par césarienne qui empêche la colonisation par la flore de la maman 
  • le type d’alimentation après la naissance (allaitement maternel ou laits maternisés) 
  • une éventuelle antibiothérapie administrée à la maman à l’accouchement ou à l’enfant à la naissance. 

Plusieurs études récentes suggèrent également un lien entre l’utilisation précoce d’antibiotiques et la survenue de pathologies (maladie de Crohn, asthme...). D’autres études montrent que les enfants qui ont une flore moins riche qualitativement et quantitativement en bifidobactéries ont un risque accru à développer une dermatite atopique

Microbiote en danger ?

Lorsque le microbiote est en état d’équilibre, il permet de contribuer à assurer un bon état de santé. Dans certaines situations, le microbiote se désorganise. On parle alors de dysbiose. 

A l’origine d’une dysbiose : Le stress, une alimentation déséquilibrée, la prise d’antiobiotiques ou de certains anti-inflammatoires, les modes d’accouchement et la période péri-natale sont des facteurs de déséquilibre du microbiote. Certains chercheurs mettent également en cause les vaccinations. 

Facteurs d'agression du microbiote intestinal
Un certain nombre de facteurs thérapeutiques ou diététiques altèrent durablement la flore intestinale. 

L'antibiothérapie
Qu'elle soit administrée par voie orale ou intraveineuse, en particulier aux phases cruciales d'implantation et de développement d'une flore bifide dominante, toute antibiothérapie doit être parfaitement indiquée et adaptée à la situation, tout particulièrement chez le nouveau-né et le nourrisson. Des travaux récents suggèrent un lien entre antibiothérapie en période néonatale et asthme [Alm B, Erdes L, Möllborg P, et al. Neonatal antibiotic treatment is a risk factor for early wheezing. Pediatrics 2008;121: 697—702.]. 

L'utilisation des traitements anti-acide
Elle altère également la flore notamment dans le cadre du reflux gastro-oesophagien avéré ou malheureusement simplement suspecté devant des douleurs abdominales. L'absence de prokinétiques efficaces a conduit à une augmentation majeure de la prescription d'inhibiteurs de la pompe à protons. Malheureusement, l'alcalinisation gastrique supprime l'une des principales barrières à la colonisation par des bactéries de l'environnement, éventuellement pathogènes. Il a été montré que les traitements anti-acides augmentent le risque de diarrhée infectieuse et de pneumonie [Canani RB, Cirillo P, Roggero P, et al. Therapy with gastric acidity inhibitors increases the risk of acute gastroenteritis and community-acquired pneumonia in children. Pediatrics 2006; 117:e817—20.] 

Carence en fibres alimentaires
Une alimentation ne comprenant pas ou si peu de fibres alimentaires ne favorise pas l'implantation et surtout le maintien d'une flore équilibrée avec une proportion suffisante de bifides. 

Gastroentérite aiguë
Une banale gastroentérite aiguë (GEA) virale ou, plus rarement dans nos pays, d'origine bactérienne altère la flore intestinale. La plupart des enfants des pays à haut niveau de vie guérissent rapidement d'une GEA. Cependant, certains développent le classique tableau de diarrhée grave prolongée post infectieuse dont une des composantes est un déséquilibre durable de la flore intestinale avec toutes les conséquences que ses nombreux rôles physiologiques laissent supposer. 

Lorsque la dysbiose est installée, elle peut entraîner différentes problématiques de santé : 

  • troubles fonctionnels intestinaux (ballonnements avec douleurs abdominales appelés colopathie, gastro-entérite ou diarrhées post-antibiotiques) 
  • allergies chez le jeune enfant 
  •  maladie inflammatoire de l’intestin (maladie de Crohn) 
  • fibromyalgie, 
  • syndrome de fatigue chronique  
  • et plus récemment l’obésité et le diabète. 

Microbiote, obésité, diabète : un lien ?

L'obésité est une maladie multifactorielle et souvent considérée comme la résultante d'un déséquilibre entre l'apport alimentaire et la dépense énergétique. Cependant, la composition bactérienne de la flore intestinale pourrait être un troisième élément impliqué dans le développement de l'excès du poids. Selon le type d'alimentation, cette boîte noire des intestins pourrait contribuer d'une part à la modification de l'extraction calorique à partir des aliments, et d'autre part, au changement de la dépense énergétique. 

La flore intestinale a des liens avec le métabolisme intermédiaire et l'inflammation, et elle peut être impliquée dans la physio pathogenèse du diabète (types 1 et 2), syndrome métabolique et obésité. Le changement des habitudes alimentaires avec une alimentation riche en fibres et de type méditerranéen pourrait induire des modifications du microbiote intestinal et, par conséquence, une perte de poids, une amélioration du syndrome métabolique et du diabète. 

Microbiote et cerveau

Les bactéries intestinales se montrent capables d'influencer la personnalité des animaux. En l'absence de microbiote, les souris développent un comportement anormal. Elles apparaissent désinhibées, manifestent des capacités d'apprentissage limitées. Mais il suffit de leur transmettre une flore intestinale pour qu'elles retrouvent un comportement normal. Plus intriguant encore : si l'on transfère le microbiote de souches de souris agressives à des souris sélectionnées pour leur pacifisme, le comportement agressif suit les bactéries. Par quel mystère ? Eh bien, il semble que le microbiote change le niveau de protéines cérébrales impliquées dans l'humeur et l'anxiété.

Conclusion de l'auteur de l'article, Stephen Collins : «les bactéries intestinales produisent des molécules qui agissent sur le cerveau». «Une personnalité est une chose vraiment compliquée», ajoute James Kinross, un chercheur spécialiste du microbiote. «Ce qui nous fait être nous-mêmes n'est pas simplement déterminé par des bactéries, mais elles peuvent jouer un rôle dans le développement de nos personnalités». 

Il n'est donc pas impossible que l'on sache un jour prédire certains des troubles somatiques ou psychiques susceptible d'affecter un enfant en analysant son méconium. Voire que l'on parvienne à influencer sa santé en changeant le régime de sa mère, ou en modifiant sa flore intestinale… 

Fonctionnement sain du SNC

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 Fonctionnement anormal du SNC

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 Le microbiote intestinal en chiffres

  • 100 000 milliards de bactéries
  • 10 fois plus que le nombre de cellules de l’organisme
  • 1 000 espèces différentes
  • 1 à 2 kg
  • 3,3 millions de gènes (150 fois plus de gènes que le génome humain) 

Références

ARUMUGAM M., RAES J., PELLETIER E. et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature, 2011, 473 (7346), 174-180. Doi:10.1038/nature09944
CANI P.D. & DELZENNE N.M. The gut microbiome as therapeutic target. Pharmacology & Therapeutics, 2011, 130, 202-212.
DRAGO L., TOSCANO M., RODIGHIERO V., De VECCHI E. & MOGNA G. Cultivable and pyrosequenced microflora in centenarians and young subjects. J. Clin. Gastroenterol., 2012, Oct. 46, Suppl. S81-S84. Doi: 10.1097/MCG.0b013e3182693982
KORECKA A. & ARULAMPALAM V. The gut microbiome: scourge, sentinel or spectator? Journal of oral Microbiology, 2012, 4, 9367-9380. Doi: 10.3402/jom.v4i0.9367
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